Auch in der dritten Staffel sorgt Shaun als klügstes Schaf der Herde für jede Menge Trubel auf der Farm. Egal, ob eine kleine Krähe die Nachtruhe stört, die Schafe im Planschbecken baden wollen, ein zorniger Stier beruhigt werden muss, Shaun vom Drachenflieger aufgegabelt wird oder im Hühnerstall feststeckt – dank seiner originellen Ideen findet er für alles eine Lösung. Dabei sorgt er immer wieder unabsichtlich für Chaos, oft zum Schrecken für Hütehund Bitzer. Schließlich hat er auch so schon alle Pfoten voll zu tun, denn der etwas naive Farmer soll auf keinen Fall erfahren, was das liebe Vieh hinter seinem Rücken so alles anstellt ...