Auch in der sechsten Staffel gibt es wieder jede Menge Chaos auf der Farm und Shaun ist daran nicht vollends unbeteiligt. Als die Schafe bei starker Hitze schwimmen gehen wollen, entdecken sie Müll im Teich. Kaum haben sie aufgeräumt, kommen die Umweltverschmutzer zurück – doch sie haben nicht mit Shaun gerechnet! Ein andermal verschwindet plötzlich Bitzers Trillerpfeife, wodurch er am Boden zerstört ist. Auftritt: Detektiv Shaun! Er verfolgt sämtliche Spuren, um Bitzer zu helfen, damit dieser seiner Aufgabe als Hütehund wieder nachkommen kann. Denn der etwas naive Bauer soll nicht merken, was hinter seinem Rücken alles so passiert ...