Vierzehn Jahre sind nach dem Third Impact vergangen, doch die Menschheit wird immer noch von den Engeln attackiert. Shinji, der in seiner EVA-Einheit eingeschlossen und ohne Bewusstsein war, wird geborgen und erkennt, dass sich die Dinge geändert haben, jedoch nicht zum Besseren: Die Welt wurde verwüstet, Rei für die er alles riskiert hat, konnte bislang nicht geborgen werden und einstige Verbündete haben sich der NERV Organisation feindlich entgegengestellt. Trotz aller Widrigkeiten versucht Shinji, sich der neuen Situation anzupassen, und trifft dabei auf den rätselhaften Kaworu Nagisa. Beide begeben sich auf die Suche nach Rei und stoßen dabei auf schreckliche Wahrheiten ...