Die Geschichte beginnt am 6. Februar 2036, als ein Unfall mit Computern, die außer Kontrolle geraten, viele Großstädte auf der ganzen Welt zerstört. Die gewaltige Katastrophe wird als „Problem 2036“ bezeichnet, es gibt jedoch Vorhersagen, dass es im Jahr 2038 zu einem ähnlichen Vorfall kommen wird. Daher nutzt eine Gruppe von Wissenschaftlern den Gaia-Supercomputer, um einen „Erdsimulator“ zu entwickeln, um dies zu verhindern Das menschliche Geburtspotenzial ist dramatisch gesunken.

Anschließend führen die Wissenschaftler die „Arecibo-Botschaft“-Formel in den Erdsimulator ein und entführen die Menschheit erfolgreich in eine andere Welt. Sie sind zunächst aufgeregt, bis ihnen klar wird, dass die Menschen im Erdsimulator selbst einen weiteren Erdsimulator geschaffen haben. Die Wissenschaftler beginnen zu vermuten, dass sie eigentlich nur das Produkt eines Erdsimulators von Kreaturen sind, deren Position sich über ihnen befindet.

Die Geschichte dreht sich um Takaoka Pollon, einen Hacker, der die Fähigkeit besitzt, wie in einem Videospiel „Speichern und Laden“ zu können. Mithilfe seines Hacking-Trigger-Systems kann er in die Weltlinie um ihn herum eingreifen.