Shirou Emiya, Rin Tohsaka und Sakura Matou repräsentieren drei große Magierfamilien, die im aktuellen Krieg um den Heiligen Gral wichtige Rollen einnehmen. Nachdem Shirou jedoch seinen Servant Saber im Kampf verloren hat und schwer angeschlagen nach Hause zurückkehrt, scheint seine weitere Teilnahme an den Auseinandersetzungen ausgeschlossen. Sein Wille, Sakura vor den grausamen und widerwärtigen Ambitionen ihres Großvaters zu schützen, ist jedoch ungebrochen und wird auf eine weitere schwere Probe gestellt, als eine neue Bedrohung aus dem Schatten in Fuyuki erscheint.