Nachdem seine Familie vom Söldner Sub-Zero eiskalt ermordet wurde, wird Hanzo Hasashi in das albtraumhafte Netherrealm verbannt. Dort erhält er vom teuflischen Quan Chi im Gegenzug für seine Dienste die Gelegenheit, seine Familie zu rächen, und wird als Scorpion wiedergeboren. Derweil stellt Lord Raiden in Earthrealm ein ungewöhnliches Team von Elitekämpfern zusammen, um die Menschheit vor dem Untergang zu retten...