Star Trek: Starfleet Academy begleitet eine Gruppe junger Kadetten, die an der Akademie zusammenkommen, um ihren gemeinsamen Traum von Hoffnung und Optimismus zu verwirklichen. Unter den wachsamen und fordernden Augen ihrer Ausbilder lernen sie, was es bedeutet, Offiziere der Sternenflotte zu werden. Dabei stellen sie sich nicht nur den Herausforderungen des Alltags – wie neu aufkeimenden Freundschaften, erbitterten Rivalitäten und der ersten großen Liebe –, sondern auch einer neuen Bedrohung, die sowohl die Akademie als auch die Föderation selbst ins Wanken bringt.