Nachdem Iroha im einstürzenden Erinnerungsmuseum verschwunden ist, setzt Yachiyo alles daran, sie zu finden. Dazu muss sie sich um jeden Preis Zugang zum Hauptquartier der Schwingen der Magius verschaffen! Angeführt von den Magius bereiten sie sich schon auf die finale Phase ihres Plans vor, bei dem sie angeblich alle Magical Girls von ihrem Schicksal erlösen wollen. Je mehr Details dazu allerdings ans Licht kommen, desto fragwürdiger erscheinen schließlich ihre Methoden. Doch Unterstützung im Kampf gegen die Organisation naht! Madoka und Homura haben von Sayaka die Wahrheit über die Magical Girls erfahren und brechen auf, um Mami vom Einfluss der Magius zu befreien ...

Basierend auf dem Mobile Game Magia Record kommen in der zweiten Staffel des Anime auch die Charaktere der Originalstory von Puella Magi Madoka Magica nochmal voll zur Geltung! Die beeindruckenden Animationen von Studio SHAFT schafften es wieder, die Schicksale und Kämpfe der Magical Girls gebührend umzusetzen.