Jak 3 vereint Elemente aus einer Vielzahl von Genres, darunter Fahr-, Abenteuer-, Action-, Puzzle-, Strategie- und Erkundungselemente. Die Handlung beginnt mit Jaks Verbannung ins Ödland – eine Wüstenlandschaft, die fünfmal so groß ist wie Haven City und diverse Gebiete umfasst, darunter Minen und einen Vulkan. Angesichts der Weitläufigkeit und der abwechslungsreichen Topografie spielen Fahrzeuge in jeder Mission eine bedeutende Rolle. Im Spielverlauf werden weitere Fahrzeuge, Waffen und dunkle Kräfte freigeschaltet, zudem werden Lichtkräfte eingeführt. Während Jak und Daxter um ihr Überleben kämpfen, treten nach und nach sowohl neue als auch bereits bekannte Charaktere in Erscheinung.